Die St. Michaelskirche ist 1783 als Filial-Kirche von St. Antonius errichtet worden. Sie wurde 1869 selbstständige Gemeinde. Die Grundmauern der ersten Kirche sind in Umrissen auf dem jetzigen Kirchenvorplatz zu sehen. Der "Alte Turm" ist erhalten. Er wurde mit Unterstützung wohlhabender Seeleute gebaut nach dem Vorbild des Leuchtturms von Riga (Lettland).
Die jetzige Kirche wurde 1909 im neu-romanischen Stil errichtet. Die silberne Chorlampe, das "Ewige Licht", ist ein Geschenk der Papenburger Seeleute. Sie stellt ein komplett getakeltes Segelschiff dar. Vor dem Chorraum findet man eine Steinplatte mit dem Leitspruch Papenburger Fahrensleute: "GOD IS MYN LEIDSMAN" (Gott ist mein Lotse).
Die Kirchengemeinde hat ca. 7000 Gemeindemitglieder, wodurch in den verschiedensten Bereichert ein reges Gemeindeleben zustande kommt.
Die Gemeinde ist Trägerin einer Haupt- und Realschule und zweier Kindergärten.
In der Straße am Bethlehem befindet sich eine Kapelle mit angegliederten Gruppenräumen. Das Pfarrzentrum "Don-Bosco-Heim", sowie ein Schwesternkonvent der Franziskanerinnen vom heiligen St. Georg, Thuine sind Nachbarn der Kirche.
St. Michael bildet heute mit St. Marien einen Gemeindeverbund.
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